Arsitektur Honden ditentukan oleh gaya Nagare-zukuri (mengalir) yang ikonis, menampilkan atap melengkung asimetris yang memanjang ke depan untuk melindungi beranda suci. Atap kulit kayu cemara yang lapuk dan sambungan kayu yang saling mengunci menunjukkan keahlian Jepang kuno yang dirancang untuk melindungi triad kuil internal tanpa menggunakan satu paku pun.