Prasat Baan Panna dibangun pada abad ke-18 Buddha sesuai dengan aspirasi kerajaan Raja Jayavarman VII untuk berfungsi sebagai "Arokayasala", atau rumah sakit komunitas, di sepanjang rute kuno. Hal ini didorong oleh kepercayaan Buddha Mahayana yang berfokus pada meringankan penderitaan dan penyakit bagi orang-orang di berbagai kota kerajaan Khmer kuno.